Isis/Draw Symyx Draw ChemDraw DrawIt ChemSketch Chem 4D Marvin PLT Chb

Kémiai rajzolóprogramok – Az Accelrys (Symyx) Draw, ChemBioDraw (ChemDraw), DrawIt, ChemSketch, ChemDoodle és Chemistry 4-D Draw összehasonlítása11a


Dr. Gunda Tamás



A szerző minden megjegyzést, kiegészítést szívesen fogad a fenti címen.

Utolsó frissítés: 2014. október 1.
(Az angol verzió ennél rendszeresebben frissített)


Bevezetés
Installálás
Adatmozgatás, fájlműveletek
Kémiai rajzműveletek
Egyéb rajzműveletek
Szöveges részek szerkesztése
Templátok, csoportrövidítések
Kémiai intelligencia, nevezéktan
Spektrumok, kromatogramok kezelése
Egyéb kémiai kiegészítők
Kémiai programok és Internet
Dokumentáció
Összefoglalás
És mi van még?...
Megjegyzések és irodalom, letöltés
Társprogramok, külön modulok összefoglaló táblázata
Tulajdonságok összefoglaló táblázata
GIF és JPG...

angol
angol
változat




Bevezetés



Korunk mikroelektronikai forradalma a kémikusok köréből is száműzte az írógépet, a tuskihúzókat és sablonokat. A szövegszerkesztő programok (Word for Windows, Corel WordPerfect, Lotus WordPro, stb.) ma már általánosan használtak. Ezekkel nyomdai kinézetű és szerkesztésű cikkeket lehet írni, rengeteg újraírást és rajzolást megtakarítva. Az általános rajzolóprogramokkal kémiát nem, vagy csak igen nagy kínlódással lehetne papírra vetni. A publikációs célú rajzolóprogramok esetén a lényeg az esztétikán van, így itt a szép kivitel a fontos, amit a templátok, sablonok, irányított kötések stb biztosítanak. A 3D ábrázolás csak fel/le kötésekkel jelölve lehetséges, viszont fontos az egyéb kellékek bő választéka (betűtípusok, nagyságok, nyilak, körök, vonalak, gyűrűk stb). Ha 3D ábrázolás is szükséges, ez modellezőprogramból vagy adatbázisból való importtal lehetséges, bár a mai rajzoló programokhoz már van egy egyszerű 2D → 3D átalakító modul is.

A kémiai rajzoló programok lehetnek Windows, McIntosh vagy Linux környezetben működők. Fontos követelmény a WYSIWYG (What You See Is What You Get) feltétel. A Windows alapúaknál a nyomtatással, képernyőmásolással, betűtípusokkal és egyéb, a rendszert érintő dolgokkal maga a Windows foglalkozik, annak beállításai érvényesek. Fontos szempont, hogy mennyire felhasználóbarát (user friendly) egy program, tehát a szem előtt levő és a felhasználóval az oda-vissza kapcsolattartást biztosító részének (user interface) legyen egyszerű, de hatékony a kidolgozása. Igen lényeges még a más programokkal való kapcsolattartás, együttműködés.

Ebben az összehasonlító közleményben a kémikusok körében talán legjobban elterjedt MS Windows alapú, publikációs színvonalú programokat ismertetjük, néhányat pedig röviden megemlítünk:

Accelrys (Symyx) Draw 4.1 Academic edition 1 (Accelrys) (frissítve 2012. szeptember)
ChemBioDraw ultra 14 (ChemBioDraw) 2 (PerkinElmer/CambridgeSoft) (frissítve 2014. július)
ACD/ChemSketch 12.0 Free and Commercial 5 (Advanced Chemistry Development) (frissítve 2013. február)
ChemDoodle 7.0 9 (iChemLabs LLC) (frissítve 2014. szeptember)
Chemistry 4-D Draw 8.4.6 Pro 6 (ChemInnovation Software) (frissítve 2011. október)
DrawIt - KnowItAll Academic Edition 9.0 3 (Bio-Rad) (frissítve 2011. október)

Alapos teszt:
MarvinSketch 6.0 7 (ChemAxon Ltd) (frissítve 2013. február)

Röviden megemlítjük még:

WinPLT, ICM-Chemist, ChemPen, XDrawChem, JChemPaint, BKChem, ChemicPen, ChemTool, ICEdit, SketchEI, TouchMol, JavaGrinsl (önálló rajzoló programok)

JME Editor, WebME Molecular Editor, ChemWriter, ChemVector, JDraw, JSDraw, Xemistry sketcher, JMolDraw, MCDL (böngészőbe ágyazott kisalkalmazások, applet)

Chem4Word, TouchMol for Microsoft Office (kiegészítő, add-in)

Mindegyik program a kémiai rajzoláson túlmenően egy-egy programcsalád tagja is, szervesen kapcsolódnak modellező vagy adatbázis alkalmazásokhoz, információkezelő rendszerekhez, azok adatbeviteli moduljaként működnek. Ma már nem könnyű a vezető alkalmazások rangsorolása: ennek az összefoglalásnak az első verziója (1998) csak 3 programmal foglalkozott (ChemWindow, ChemDraw és Isis/Draw), s lényeges különbségek voltak közöttük. A mai programok rajzoló moduljai viszont fej fej mellett vannak.


A sok kiegészítő modult vagy programot (add-in, plug-in, bundled program) vagy együtt adják a megvett programmal, vagy külön kell megvenni, néhány pedig szabadon letölthető a honlapokról – ezek gyakran változnak és ezért erről minden esetben tájékozódjunk előre. Ezeket az itt megnézhető táblázat foglalja össze és a cikk vége felé is tárgyaljuk röviden. Az adatbázis és hasonló funkciókkal itt nem foglalkozunk, a többit is csak röviden megemlítjük. A programokat igyekeztünk "nyúzópróba" alá venni, vagyis az egyszerű rajzfunkciók kipróbálása mellett a sokoldalúság vizsgálatára is hangsúlyt fektettünk.4

Itt természetesen lehetetlen mindenre részletesen kitérni, ezért a fontosabb összehasonlításokat táblázatos formában közöljük. Ebben kövéren szedve található, ami véleményünk szerint a program erős oldala a többiekhez képest, illetve dőltbetűvel vannak kiemelve a program gyenge pontjai. Természetesen tudatában vagyunk annak, hogy egy ilyen összehasonlítás nem nélkülözheti a szubjektív elemeket, másrészt minden programnak vannak erős és gyenge pontjai, harmadrészt a felhasználóknak csak 10-20%-a tartozik a gyakorlott felhasználók (advanced user) körébe, tehát akik részletesen elolvasták a használati utasítást és sok olyan gyakorlati fogást ismernek, amikről az átlagfelhasználók többnyire nem is tudják, hogy léteznek.


Telepítés

Mivel a legtöbb nagy alkalmazás több opciós programból, modulból tevődik össze, ezért célszerű az egyedi beállítás (custom setup) opciót választani s csak a valóban szükséges dolgokat felrakni. A programok telepítése minden esetben hibamentesen működött, a ChemBioOffice 13 Ultra kivételével: a szelektív setup kérése ellenére nem nyílt ki a megfelelő dialógus ablak és teljes installáció történt (Windows XP, Vista és 7/64 verziók alatt kipróbálva). Pusztán a rajzolás miatt felesleges egy vegyszerraktár-kezelő alkalmazással vagy statisztikai elemző modulokkal terhelni a gépet.

Minden programnak van van egy saját adat- és fájlformátuma, ehhez egy adott fájlnév-végződés tartozik. Ezeket a program → fájlvégződés asszociációkat a Windows központi adatbázisa (registry) tárolja, és ez alapján tudja a rendszer, hogy mit kell tenni például, ha duplán kattintunk egy fájlra. A legtöbb program azonban a sajátján túlmenően idegen fájlformátumokat is képes használni. Az installálás során egyes programok agresszívek lehetnek, és az idegen formátumokat is saját magukra állítják át. Szerencsére egyik tesztelt program sem ilyen, sőt a legtöbbkjük meg is kérdezi, mit tegyen az idegen, de általa is használt formátumokkal (ha az illető másik program is a gépünkön van, válaszoljuk, hogy hagyja békén a megfelelőt).

Minden számítógép program esetén alapvető szabály, hogy a szerkesztett dokumentumot gyakran mentsük! Ez az itt ismertetett programokra is igaz. Bár jó és stabil programok, mégis leginkább a ChemBioDraw esetén fordulnak elő váratlan lefagyások, "kiakadások".


Adatkapcsolás és -mozgatás, fájlműveletek

Az alapvető beolvasási és védési műveleteken túlmenően lényeges a más fájlformátumú adatok exportjának és importjának a lehetősége. Erre szükség lehet például, ha egy modellező programból térbeli szerkezeteket akarunk átvenni, vagy más programmal készült ábrákat beilleszteni.

* Idegen kémiai fájl formátumok támogatása (szűrők)

Két alapvető kémiai fájltípus létezik: a programok saját rajzfájljai (sketch files), amelyek minden rajzelemet tartalmaznak, valamint az ún. molekula fájlok vagy molfájlok, amelyeket főleg a modellező programok használnak és csak a konkrét molekulák leírását tartalmazzák.

Az Accelrys Draw a saját formátumaitól eltekintve (MDL SKC és Mol fájlok) elég szűkös export/import lehetőségekkel rendelkezik, leginkább molekula és adatbázis szűrőket tartalmaz, valamint fogadja a ChemBioDraw CDX rajzfájlokat. A Chemistry 4D Draw csak MDL molfájlokat fogad. Az MDL rajzfájlokat oda-vissza támogatja a ChemBioDraw és a ChemSketch. A ChemDoodle is támogatja a legfontosabb idegen rajzfájlokat. A kölcsönösen nem támogatott rajzfunkciók, grafikus elemek természetesen nem konvertálódnak és kisebb pontatlanságokra készüljünk fel. A DrawIt gyakran lefagy, ha ChemBioDraw fájlokat akarunk vele megnyitni. Igen hasznos a MarvinSketch Document to Structure input módja: a segítségével megnyithatunk és közvetlenül importálhatunk rajzokat az Office dokumnetumokból (DOC, DOCX, PPT, PPTX, XLS, XLS, ODT) és más forrásokból (PDF, XML, HTML és TXT).

A legújabb verziókban megjelentek a web-bel kapcsolatos fájlformátumok is (ChemSketch: CML, ChemBioDraw és ChemDoodle: XML, Accelrys Draw: UniProt XML, stb.), bár ezek még e pillanatban nem általánosan használtak, inkább csak kísérleti jellegűek.

Összefoglalva: export/import szempontból a ChemBioDraw és a ChemSketch a legsokoldalúbb, ezt követi a ChemDoodle és MarvinSketch (bár nem mindegyik szűrő hibátlan).

* Saját régebbi fájlformátumok támogatása

A programok fejlődése során a saját fájlformátumok is fejlődtek, változtak. A visszafelé való kompatibilitás sohasem tökéletes. E pillanatban az alábbi lényegesebb gondok említésre méltóak:


* Egyéb grafikai fájlok és objektumok beágyazásának támogatása

Ez leginkább csak a ChemBioDraw, ChemDoodle, ChemSketch és DrawIt esetén fontos, mivel ezek a programok alkalmasak poszterek készítésére és ezekben a kémia mellett több más adattípus is előfordulhat. Ha vonalas rajzokat, grafikonokat, diagrammokat kell egy másik programból importálni, a bitmap képek (JPG, TIF, GIF, stb.) helyett használjunk vektor formátumot (Windows metafájl WMF vagy EMF, SVG, PDF). Az előbbiek ugyanis nem méretezhetők jelentős minőségromlás nélkül. Az újabb verziókban az SVG vektorformátum is támogatott. Ugyanez érvényes, ha nem valódi fájlokat exportálunk, hanem objektumokat a Windows vágólapon keresztül. Az alábbi táblázat összefoglalóan bemutatja, hogy az egyes fájl és clipboard formátumok (objektumok) hogyan importálhatók.



Mint a táblázatban látható, a Marvin Sketch-be nem lehet grafikát importálni, azonban az OSRA nevű külső alkalmazással kémiai képek visszakonvertálhatók kémiai szerkezetekké. Az OSRA (Optical Structure Recognition Application) nagyon hasznos alkalmazás GIF, JPEG, PNG, TIFF, PDF, PS, stb. képekben levő 2D szerkezetek "extrahálására".12 Az OSRA mint plug-in Accelrys Draw 4 és ChemBioDraw 12 programokban is használható.

Az Accelrys Draw, ChemBioDraw és ChemSketch programokban van egy Objektum beágyazás (Insert object) funkció is. Hozzáértőbb felhasználók kísérletezhetnek vele, az eredmények vegyesek.

A DrawIt kivételével a programok a dokumentumok különféle grafikus bitmap formátumú mentését, exportját is lehetővé teszik. A JPG formátum csak fényképek számára megfelelő! A veszteségmentesen tömörítő GIF és a PNG a fontosabb, mivel ezek közvetlenül felhasználhatók web lapok készítésére is. A GIF, JPG és PNG formátumról itt bővebb információ is található. A nagyfelbontású TIFF képeket a hagyományos nyomdai eljárások kedvelik. Manapság a web böngészőkben és alkalmazásokban, amikor vektor grafika használata célszerű, az XML alapú SVG (Scalable Vector Graphics) formátum tekinthető szabványosnak.

Mivel a DrawIt/ReportIt igen sok spektroszkópiai fájltípust ismer, meglepő, hogy egyetlen egyéb általános vektorgrafikus (EMF, WMF, SVG) vagy bitmap (GIF, PNG, stb.) formátumot sem támogat. A Windows vágólapon keresztül azonban nem volt gond a grafika mozgatásával.

* Kémiai rajzok mozgatása a szövegszerkesztőbe és vissza a Windows vágólapon (clipboardon) keresztül (dinamikus kapcsolat)

Szerencsére nem adódott probléma a leglényegesebbel: az elkészített rajzok átmásolásával és beillesztésével a szövegszerkesztőbe vagy más alkalmazásba (Powerpoint, stb.). Erre mindegyik program esetén rendelkezésre áll a Windowsban általánosan használatos OLE 2.0 szabványú kapcsolás és beágyazás (object linking and embedding): a rajzot először a Másolás – Beillesztés (Copy – Paste) paranccsal lehet a dokumentumba átvinni, beágyazni. Utólagos szerkesztésnél, változtatásnál már elég csak kétszer kattintani a szövegszerkesztőbeli rajzra (vagy jobbkattintással hívni a megfelelő gyorsmenűt), ekkor a kémiai rajzprogram automatikusan indul és fogadja a rajzot, majd szerkesztés után könnyű a szövegszerkesztő frissítése (round-trip editing, oda-vissza szerkesztés).


A Windows vágólapon keresztüli export-import igen összetett folyamat. Amikor egy program egy molekulát vagy rajzot a vágólapra feltesz, tulajdonképpen egy változatos egyveleget küld: saját formátuma(i), képfájl, Windows metafájl, MDL molekulafájl (speciális vagy szövegformátumban), MDL rajzfájl és MDL reakciófájl valamilyen kombinációját. A beillesztés során a másik programnak ezeket értenie kell és a megfelelőt ki kell tudnia választani. (A ChemDoodle haladó beállításainál finomhangolni lehet, hogy a program mit küldjön a vágólapra.)

! Bár a szövegszerkesztő által készített dokumentum (MS Word, WordPro vagy WordPerfect) tárolja a beillesztett rajzot és az utólag bármikor előhívható, szerkeszthető (oda-vissza szerkesztés), azonban ha a teljes dokumentumot konvertáljuk (Word és WordPerfect között, stb.), vagy a szövegszerkesztő egy újabb programverziója a beolvasásnál frissít egy régebbi dokumentumot, megszakadhat a rejtett kapcsolat a rajz és az eredeti kémiai program között, így nem tudjuk a rajzot visszavinni a kémiai szerkesztőbe. Ezért biztonság kedvéért főleg a bonyolultabb rajzokat mindig mentsük el külön a natív formátumukban is!

! Ha egy rajzot a vágólapon keresztül bemásolunk a MS Wordbe vagy Powerpointba, nagy mennyiségű adat ágyazódik a programba. A bemásoláshoz használhatjuk az irányított beillesztés (Paste special...) menű opciót is (ha van). Ekkor általában egy almenű nyílik ki (kép, bitkép, metafájl, különféle objektumok, stb.). Válasszuk a metafájl formátumot (picture (metafile)). Sokkal kevesebb adat másolódik be, a fájlok kisebbek lesznek. Ezért főleg a régi, lassabb laptopok hálásak. A módszer hátránya, hogy ekkor a "kémia" nem ágyazódik be a grafikával együtt, más szóval nem lehet egy duplakattintással szerkeszteni, változtatni a rajzokat az eredeti programban (hiányzik az előbb már említett oda-vissza szerkesztés). Nem túl nagy gond, ha a kémiai rajzokat magukat amúgyis eltesszük (miként egy bekezdéssel előbb ajánlottuk).

A ChemBioDraw, ChemSketch, ChemDoodle és DrawIt támogatja a többoldalas dokumentumokat és a poszterméretet is.

* Előzetes gyorsnézés (preview) és/vagy gyorskeresés (quick search)

A MarvinSketch, ChemDoodle és DrawIt a fájlmegnyitási ablakban tartalmaz egy egyszerű, de nagyon hasznos gyorsnézőt. Ez igen nagy segítség egy adott fájl megtalálásához, amikor egy könytár esetleg 200-300 fájlt tartalmaz. A többi program is beépíthetne hasonlókat.

Kattintson a képeken a nagyobb mérethez:



A ChemSketch, ChemBioDraw és ChemDoodle gyorskeresőt tartalmaz. Az első kettőben ez nincs benne a programok alap ill. ingyenes verziójában, mivel szükséges hozzá a keresőmodul vagy társprogram megléte is. A ChemSketch esetén ez a Search for structure névre hallgat s gyorsan meg lehet vele találni egy adott szerkezetet tartalmazó régebbi rajzot. A megadott kereső szerkezet szerint lehet az egy vagy több különböző könyvtárban levő fájlokból válogatni (pontos vagy szubstruktúra kereséssel SK2, MDL MOL, SDF, SKC, CHM, CDX, RXN formátumú fájlokból, valamint World, Excel, Powerpoint és PDF dokumentumokból). A ChemOffice családban a ChemFinder for Office egy hasonló, de önálló alkalmazás, amely molekula és rajzfájlokban valamint MS Office programokba ültetett rajzokban keres a megadott kereső struktúra alapján. A talált rajzot meg lehet nyitni szerkesztésre vagy egy másik dokumentumba átvinni. A ChemFinder for Office azonban lassabb, kevésbé jól sikerült az előzőnél, a 11 és 12-es verzióban például pontosan ugyanazokat a fájlokat és opciókat használva nem egyforma a keresés végeredménye. A ChemDoodle a támogatott molekula és rajzfájlokban talált szerkezeteket megmutatja és szintén meg lehet nyitni azokat a saját szerkesztőjében.







Kémiai rajzműveletek

Az alapműveleteket, vagyis a különböző kötéstípusok irányított vagy szabad rajzolását, a gyűrűk rajzolását és összeillesztését, a rajzelemek mozgatását, többszörözését, méretezését stb. mindegyik program jól végzi. A Chemistry 4-D Draw-ban nem lehet az objektumokat vízszintes vagy függőleges megszorítással mozgatni. Az alábbi ábra mutatja az egyes programokban használható kötéstípusokat.



Az Accelrys Draw, ChemBioDraw, ChemSketch és Marvinsketch sokféle kereső (query) atom- és kötéstípust, kémiailag értelmezett többcentrumú delokalizált kötést, Markush-szerkezeteket, polimereket ismer, reakciójellemzőket, atom-atom megfeleltetést, stb. is támogat, ezekkel itt nem foglalkozunk. A ChemSketch-ben külön eszköz van a szaggatott vagy folyamatos körívvel rajzolt delokalizált kettőskötésre. Kémiailag értelmezett többcentrumú (koordinatív) kötések a ChemBioDraw, ChemSketch és Accelrys Draw esetén elérhetők. Természetesen egy közönséges rajz esetén, amikor a kémiai értelmezés lényegtelen, ezek darabokból is összerakhatók.

A Chemistry 4D Draw kivételével a programokban minden objektum és azok (majdnem) minden elemének tulajdonságai külön-külön is állíthatók, gyakorlott felhasználók ezzel sokat finomíthatnak a rajzokon. A Chemistry 4D Draw-ban csak a teljes objektumok tulajdonságai állíthatók.

A ChemSketchben a megtörten rajzolt kötésekhez pszeudoatomokat használ (például szénhidrátokban), a ChemBioDraw hasonlóan jár el a többcentrumos kötéseknél (pl. fématom és ferrocén között). Ezeket a programok 3D átalakításkor figyelembe veszik, de figyelni kell rá, ha egy molekulát egy másik modellező programba exportálunk.

Amennyiben térbeli szerkezeteket importálunk, mindegyik program képes a 3D forgatásra is. A hetero- és szénatomokhoz szükség esetén a hidrogéneket automatikusan hozzáadják, ezek azonban csak látszólagos (implicit) hidrogének, maga a molfájl nem tartalmazza őket (erre adatbázis használatnál és modellezésnél kell odafigyelni). Ez a funkció a DrawItben a leggyengébb, importált fájloknál nincs automatikus hidrogén hozzáadás, s a molekula utólagos szerkesztésénél sincs korrekció. A ChemSketch, ChemDoodle és MarvinSketch kérésre az implicit hidrogéneket valóságosként is hozzáadja a szerkezethez.

A Chemistry 4-D Draw Pro, amikor a NamExpert funkcióját használjuk (ld. később), a beírt kémiai névből választhatóan háromféle módon tud rajzolni: a szokásos vonalas ábrázolással (shorthand), hidrogéneket kötéssel kirajzolva (semistructural), és linearizálva (Kekulé). Kár, hogy a szerkezetek utólag nem stilizálhatók át, csak közvetve, a nomenklatúra funkció oda-vissza alkalmazásával. Néha igen hasznos lehet a ChemDoodle Lewis-féle pontábrázolása is:

 


Mindegyik program tartalmaz egy tisztító opciót is (clean up structures), amikor a szerkezetet standard kötéshosszak és -szögek alkalmazásával újrarajzolja. Egyik programot sem lehet kiemelni: mindegyik szépen dolgozik, de mindegyiket meg is lehet bolondítani egy-egy bonyolultabb gyűrűrendszerrel. A ChemBioDraw 12-13 esetén az algoritmus elég gyakran átfordít vagy elforgat még egyszerű szerkezeteket is, véleményünk szerint ez eléggé barátságtalan eljárás. A ChemBioDraw 14 valamivel jobban viselkedik.

Mindegyik program érzékelni képes az aromaticitást és az alternáló kettőskötéseket opcionálisan körrel helyettesíti. Az Accelrys Draw azonban nem képes az aromás köröket más alkalmazásokba exportálni.

Az alapbeállítások mindegyik programban elmenthetők, sőt az egyes gyakoribb folyóiratoknak megfelelő beállítások (stílusok) készen is elővehetők.

A ChemDoodle több újszerű szerkesztési eljárást, segédeszközt tartalmaz, például visszavonás/újra (undo/redo) előzményablakkal (history window), különféle zárójelek automatikus méretezése, a rajzelemek mozgatásának, centírozásának többféle módja, sorbarendezés (stack), molekulák telítése vagy fordítva, automatikus aromatizálás ("kekulize" molecule), stb. Egyesek igen hasznosak, mások használata ízlés dolga. A ChemDoodle tartalmaz egy reakciószerkesztő ablakot is, amiben a reakciópartnerek összeválogatása után a program automatikusan elrendezi és formatázza a nyilakat, plusz jeleket, reakciókörülmények szövegét. Előnye a gyors formázás (gondoljunk egy tankönyvben szereplő több száz reakcióegyenletre), viszont egyúttal kötöttséget is jelent, nem nagyon lehet beleszólni a formázásba (például függőleges reakciónyilakat nem támogat).
A ChemDoodle reakciószerkesztője

* Lineáris karakterábrázolású szerkezet → 2D átalakítás:

Az adatbázisokkal való kapcsolattartásban használják a kémiai szerkezetek Smiles, SLN vagy InChi karakterformátumú (sztring) kódolását, amelyet ChemSketch, ChemBioDraw, Accelrys Draws, DrawIt, ChemDoodle és MarvinSketch támogat. Ha egy ilyen fájlt egy szövegszerkesztőben megnyitunk, valami ilyesmit látunk:

CCN(CC)CC1OCCC(OCC)=C1

A sztringek nem tartalmaznak koordinátákat: míg a kis vagy merev molekulák szerkezetének a rajzformátumú visszaállítása nem okoz gondot, nagy ciklikus molekulák esetén bár a szerkezet helyes, szemre általában csúnya. A tárgyalt programok közül a ChemBioDraw mutatta a legjobb eredményt Smiles sztringek alkalmazása esetén, a többiek változatos eredményt produkáltak. (Az interneten több kereskedelmi és kísérleti program található, amely a lineáris ábrázolást képes visszaalakítani rajzzá). Egy kis összehasonlítás látható itt. (Az interneten több kereskedelmi és kísérleti program található, amely a lineáris ábrázolást képes visszaalakítani rajzzá.)

* 2D → 3D és 3D → 2D átalakítás:

Precíz térbeli szerkezeteket modellező programmal érdemes csinálni és molekula fájlként importálni. A programoknak azonban közvetlenebb kapcsolata is van egy-egy modullal vagy társprogrammal. Így az


A Chem3D kivételével ezek csak egy egyszerű molekulamechanikai módszert alkalmaznak a 3D szerkezet optimalizálására, standard kötésadatokkal, így a kapott szerkezetek csak publikációs célra alkalmasak, nem pedig konformációs következtetések esetleges levonására. A ChemSketch ChemBasic Goodies kiegészítése lehetővé teszi szénhidrátok, peptidek és nukleinsavak gyors 3D építését.

A 3D kémiai szerkezeteknek szokványos rajzzá való automatikus visszaalakítása mindig problematikus volt. Általában csak kis és többé-kevésbé merev molekulák esetén kaphatunk elfogadható eredményt. A jozamicin nevű makrolid antibiotikum 3D molekula fájljával tettünk próbát. Csak a programokban elérhető opciókat használtuk, némelyiket többször is. Az eredmények:


Egyértelműen a legújabb programok végezték a legjobb munkát (MarvinSketch és ChemDoodle). Bár a fenti tesztben a ChemBioDraw közepesen szerepelt, sikeresebb az átalakítás, ha a Chem3D is telepítve van. Ha a Chem3D-ben a ChemBioDraw panel is nyitva van szinkronizált módban (alapeset), akkor a 3D model szerkesztése, forgatása azonnal automatikusan tükröződik a ChemBioDraw panelben is, a program a 3D szerkezet automatikusan 2D rajzzá alakítja. Amikor a 2D ábra megfelelőnek néz ki, akkor fájlként menteni lehet vagy átvinni az önálló ChemBioDraw-ba.

* Biopolimer építő és interaktív templátok

Ezzel a hasznos funkcióval peptid vagy nukleinsav szekvenciákat lehet gyorsan felépíteni az Accelrys Draw-ban, ChemBioDraw-ban vagy ChemDoodle-ban (ez utóbbiban sztereokémia nélkül). A ChemSketch-ben egy eléggé kezdetleges verzió található. A ChemBioDraw 13-14 verzió a legfejlettebb, ez támogatja a β- és D-aminosavakat is, a diszulfid hidakat, ciklopeptideket és a peptidláncok közötti kapcsolatok kialakítását. Védőcsoportokat is lehet bevinni, ez azonban nem működik tökéletesen, a rövidítéseket nem lehet szerkezetté kiterjeszteni, még a manuálban leírt példa sem volt reprodukálható.


Kattintson a képre a teljes megtekintéshez


A ChemDoodle interaktív kémiai templátjaival tetszőleges nanocsövek és prizmák készíthetők. Az egér vízszintes vagy függőleges mozgatásával változtatható a nanocső átmérője vagy magassága. A program a kettőskötéseket is automatikusan behelyezi.

* Élsimítás (anti-aliasing)

A ChemBioDraw, ChemSketch, Accelrys Draw, ChemDoodle és MarvinSketch programok támogatják az élsimítást (anti-aliasing). A képernyőn a ferde és görbe vonalak lépcsőzöttségét egyenlíti ki ez az opció. Ez nagyban javítja a rajzok minőségét, ha például Powerpointba exportáljuk vagy képként mentjük el webalkalmazások számára. A nyomtatott ábrákra ennek nincs hatása (mivel a nyomtató felbontása jóval nagyobb, mint a képernyőé). Mivel a lépcsőkiegyenlítés elég nagy terhet ró a processzorra, régebbi gépeknél és nagyobb ábráknál ezért a rajzolás folyamán esetleg célszerű kikapcsolni.



A legfejlettebb a ChemBioDraw megoldása, itt élsimítás opcionálisan ki/be kapcsolható exportnál vagy a képernyőn. A ChemSketch csak a képernyőn használja (áthidalható képernyő mentéssel, ha képfájlokra van szükségünk). Az Accelrys Draw esetén nem kapcsolható ki, ami amiatt kellemetlen, hogy a Windows vágólapon keresztüli exportnál utólag nem minden objektumnál látszik az élsimítás.


Egyéb rajzműveletek



Itt a különböző négyzetek, körök, poligonok, egyszerű és összetett vonalak, görbék, nyilak, molekulaorbitálok stb. rajzolásának lehetőségét vizsgáltuk. Természetesen nem várhatunk el egy profi rajzprogram nyújtotta lehetőségeket, csak az alapfunkciókat, amelyek egyszerű vonaldiagramok, esetleg stilizált biokémiai ábrák megrajzolásához nyújtanak segítséget. E téren egyértelműen a ChemBioDraw és a ChemSketch vezet, ezek a többi programnál több rajzelemet ismernek, amelyek színekkel vagy mintákkal kitölthetők, s az átlátszatlanság is szabályozható. Furcsa, hogy a ChemBioDraw újabban már nem támogatja a mintával kitöltött objektumokat és görbéket. A Bézier-görbék (bármilyen alakú, szabálytalan görbék vagy alakzatok) szerkesztését a ChemSketchben oldották meg a legjobban. Az idomok színátmenetes kitöltése és az árnyékok állíthatósága is a ChemSketch-ben a legjobb.

A ChemSketch sokáig az egyetlen program volt, amelyben egy DNS kettős spirál pár perc alatt elkészíthető. Az újabb Chem(Bio)Draw verziókbanban megjelent BioDraw templátokkal azonban a DNS készítése még könnyebb. Kész atom orbitálok mindegyik programban találhatók, bár a minőségük különböző.

Mint már említettük, a ChemBioDraw 12-ben megváltoztattták a színek kezelését. Ez oda-vissza kompatibilitási problémákkal járhat a régebbi színes rajzokat szerkesztésénél. Az árnyékos keretek is másképpen viselkednek, az újabb verziókban fehér alapú keretet fekete árnyékkal még darabokból sem lehet összerakni.

A lenti A ábra rajzai ChemBioDraw-val készültek. A daunorubicin – DNS komplex szerkezete egy Protein Data Bank fájlból lett kiemelve, majd egy 3D modellező programmal pozícionálva, molekulafájlként átvive a ChemBioDraw-ba és itt még apró szerkesztésekett végezve. A B ábra ChemSketch-el készült. A ChemBioDraw 10-12 új és nagyon jól használható eszköze az ún. BioDraw paletta és eszköztár. Nem minden verzió tartalmazza, csak a Chem(Bio)Draw névvel futók (ChemBioOffice). A BioDraw paletta a biokémiai ábrákhoz szükséges interaktív, módosítható templátokat tartalmazza (enzimek, receptorok, membránok, DNS, ioncsatornák, stb.), C ábra. A BioDraw elemei természetesen keverhetők kémiaiakkal is.



A


B


C


A forgatások szempontjából a ChemBioDraw és a ChemDoodle vezet: mind különálló szöveget, mind kémiai képletet tudnak forgatni s ez utóbbinál opció, hogy a betűket is forgassák-e vagy sem. A DrawIt és ChemSketch csak különálló szöveget tud elforgatni, az Accelrys Draw és Chemistry 4-D Draw sajnos egyáltalán képes a szövegek forgatására. A kémiai szerkezetek forgatása főleg egészoldalas ábráknál lehet fontos: ha a terjedelem miatt fekvő kép használata szükséges (landscape mód), azonban egy másik alkalmazásban nem lehetséges az ábrák 90°-os elforgatása.

Összefoglalva: A ChemBioDraw és a ChemSketch fej-fej mellett halad az élen. Bonyolult, összetett rajzok készítése esetén, ha a meglevő grafikai alapelemekből kell kiindulni, talán egy hajszállal a ChemSketch-é az előny. Ha elegendőek a kész templátok, a ChemBioDraw a használhatóbb.

Amennyiben laboratóriumi eszközöket vagy technológiai folyamatábrát akarunk rajzolni, a DrawIt nagyszámú sablont tartalmaz. A ChemSketch, ChemBioDraw és ChemDoodle szintén tartalmaz ilyen templátokat; kiegészítések a honlapokról letölthetők.



A ChemBioDraw és ChemDoodle nagyon hasznos szerszáma a grafikus VRK szerkesztő (főleg az e-jegyzőkönyvek használói számára): nagyon könnyű vele egy VRK lemezt szerkeszteni, beleértve a start- és a frontvonalat, az egyes sávokban levő foltok nagyságát, alakját, fedettségét, színét. Kívánságra az egyes foltok Rf értékei is kiíródnak. Hasonló VRK szerkesztő van a ChemSketchben is, azonban itt az adatokat egy külön ablakba kell beírni, ami sokkal barátságtalanabb megoldás. A ChemBioDraw 13-ban új kiegészítés a gél-elektroforézis szerkesztő.

* Rajzok teljes újraformázása

Lényeges még az egyes rajzelemek menet közbeni módosítása, stilizálása, például a nyíltípusok, a vonalak és kötések vastagságának, a margó, a fontméret, stb. megváltoztatása. Különösen hasznosak az egyes folyóiratok előre definiált paraméterei (style sheets). Az aktuális rajzparaméterek, formátumok mindegyik programban elmenthetők és szükség esetén újra előhívhatók (restyling). A jelenlegi programverziók (a Chemistry 4D Draw kivételével) igen rugalmasak, szinte minden tetszés szerint külön-külön vagy csoportosan változtatható. A Chemistry 4-D Draw-ban néhány fontosabb dolog csak egy-egy objektum egészére módosítható. Az Accelrys Draw esetén az aromás delokalizációt jelző körök használata csak globális opció. A technikai megvalósítások természetesen különbözőek, a ChemSketch-ben például lebegő eszköztárak vannak, a ChemBioDraw-ban jobb egérgombbal nyitható menűk.

A ChemBioDraw egyik öröklődő gyenge pontja a meglevő rajzok átformázása egy adott stíluslap szerint. Ha egy új rajzhoz megnyitunk egy stíluslapot, nincs gond. Ha egy már meglevő rajzot akarunk átformázni, akkor furcsa módon a program az új paramétereknek csak egy részét veszi figyelembe, illetve ki kell tapasztalni, mikor mi és hogyan változik. Ez a másolás/beillesztésnél is jelentkezik: ha a két dokumentum beállításai nem egyformák, a szerkezeti szöveg mérete az újnak megfelelően megváltozik, de a feliratoké nem vagy furcsa értékeket vehet fel. Egy másik hiba a ChemBioDraw utóbbi verzióiban, hogy ha egy bemásolt képletre alkalmazzuk a jelenlegi dokument formatálását (Apply object settings from current document), akkor egyúttal tisztítást is végez és rendszerint átformálja az esetleg már megszépített korábbi szerkezeteket. Harmadrészt, ha a ChemACX-ből letöltünk egy szerkezetet egy már meglévő rajzba, minden figyelmeztetés nélkül megváltoznak a dokumentum beállításai (kötés hossz, vastagság)! Ezért jobb előbb egy ideiglenes dokumentumba bemásolni a képleteket és onnan a végleges helyükre. Talán egyszer kijavítják ezeket a hibákat.

Az Accelrys Draw elég súlyos hibája, hogy egy régebbi összetett rajz globális újraformázásánál (pl. a kötésvastagság megváltoztatásakor) a rajzot teljesen összekavarja és az objektumok helyzete megváltozik, valamint az összes jelenlegi formázási paramétert újra alkalmazza, nem csupán a megváltoztatottat.


* Vissza az elejére * Következő rész * Gunda Tamás honlap *


Gunda Tamás  © Ez az oldal Editpad Pro szerkesztővel * készült és  Firefox * böngésző használatára optimalizált.


href="http://www.gunda.hu/obduction/index.html">