(A Wikipedia Time War (Doctor Who) cikke alapján.)

A Doctor Who világában többször is előfordulnak időbeli háborúk. Többnyire úgy, hogy a csatározó feleket akár évszázadok vagy milliók választják el egymástól. Nemcsak a filmekben, hanem a hivatalos és spin-off novellákban is találkozhatunk kisebb-nagyobb háborúkkal. A legutolsó nagy Időháborúban (nagy I-vel) azonban az Idő Lordok magát az időt használták fegyverként, időhurkokat és paradoxonokat idéztek elő, történelmi eseményeket megfordítottak, nem is említve például a feketelyuk-hordozó hajókat, s ennek végül ők maguk is áldozatul estek. Egyes spekulációk szerint a nyolcadik Doktort is az Időháború kényszerítette regenerálódásra kilencedik Doktorként.

Az utolsó nagy Időháborúról először a kilencedik Doktor tesz említést a 2005-ös sorozat első részében (Rose - A próbababák támadása): a Nesztén Tudat azért támadt a Földre, mert az élelmiszer ellátó bolygói megsemmisültek a háborúban. A Doktor saját kijelentése szerint résztvett a háborúban, de nem tudta a Nesztén bolygót megmenteni.

A következő részben (The End of the World - Amikor vége a világnak) ötmilliárd évvel később Jabe a Cheemi Erdőből azon csodálkozik, hogy az Idő Lord Doktor egyáltalán létezik a háború következményei ellenére. A Doktor pedig elmondja Rose-nak, hogy a háborúnak áldozatul esett a bolygója s ő az egyetlen túlélő Idő Lord.

A harmadik epizódban (The Unquiet Dead - A testrablók) a kísértetforma gelthek elmondják, hogy testük az Időháborúban semmisült meg, valamint a háború az "alacsonyabb" fajok számára észrevehetetlen volt, viszont pusztítónak bizonyult a "magasabbakra".

A hatodik részben (Dalek - Az ősellenség) kiderül, hogy a dalekek voltak az ellenfelek. Hogy mi váltotta ki a háborút, az nem ismeretes, viszont a Doctor Who Confidential (a sorozatot kísérő interjú- és werkfilm) megfelelő részében a producer Russell T. Davies utal egy korábbi részre. Ebben az 1975-ös részben (Genesis of the Daleks) az Idő Lordok visszaküldték a Doktort a múltba, hogy a dalekek szülőbolygóján akadályozza meg a dalekek létrehozását. Az akció eredménye azonban rövidéletűnek bizonyult, az akkori Doktor több száz évvel később ugyanazon a bolygón túlélő dalekokra bukkan (Destiny of the Daleks).

A tizedik Doktor a Doomsday - Itéletnap részben elmondja, hogy a frontvonalban harcolt és jelen volt Arcadia elesténél (Arcadia egy földi kolónia a 25. században, az egyik spin-off könyvsorozatban szerepel), s a háború végén ő is felelős volt a dalek flotta elpusztításáért, amely egyúttal az Idő Lordokat és Gallifrey-t is elpusztította. A Doktor kizárta annak a lehetőségét, hogy más Idő Lord is életben maradhatott, mert ezt ő megérezte volna.

Az Idő Lordok pusztulása azzal is járt, hogy a történelem sokkal érzékenyebb lett a változásokra. A Fathers' day - Apák napja részben Rose az apja megmentésével egy időparadoxont produkál, amely azonnal előhívta a reaper nevű lényeket. Ezek feladata a seb begyógyítása azáltal, hogy mindent, ami kapcsolatos a paradoxonnal, eltüntessenek. A Doktor azt mondta, hogy ha lennének még Idő Lordok, ők meggátolhatnák vagy kijavíthatnák a paradoxont. A Doktor is azért nem térhet vissza a múltba és mentheti meg az Idő Lordokat, mert az paradoxont idézne elő, s még/már nincsenek Idő Lordok, akik ezt kijavíthatnák...

Bár a Doktor azt állítja, hogy ő az utolsó megmaradt Idő Lord, a 2005-ös évad utolsó részében (The Parting of the Ways - Csata után találkozunk) kiderül, hogy a dalek uralkodó túlélte a háborút s újra létrehozta a dalek fajt. Ez felveti a kérdést, hogy vajon lehettek-e Idő Lord túlélők is? A 2005-os évad zárásaként mindenesetre a dalek uralkodó és flottája megsemmisül, s az időörvény megszállta "magasabbrendű" Rose kijelenti, hogy "vége az Időháborúnak".

A 2006-os évad School Reunion - Osztálytalálkozó részének sarkalatos pontja a Skasis Paradigma, amellyel az egész világegyetem megváltoztatható lenne. A Doktor azt mormogja, hogy "meg tudná állítani a háborút". A Rise of the Cybermen - A kiborgok eljövetele részben a Doktor megemlíti, hogy ha lennének Idő Lordok, sokkal könnyebb lenne a párhuzamos világegyetemek közötti utazás. A The Satan Pit - A sátán verme részben a Gonosz azt mondja, felismerte a Doktorban "saját fajának gyilkosát".

A befejező Doomsday - A végítélet napja részben kiderül, hogy a dalekok egy Cult of Skaro nevű elit csoportja az Időháború elől a nulltérbe (a dimenziók, párhuzamos világok közötti Semmibe) menekült s magával vitte a Teremtés Bárkát, az Idő Lordok által alkotott börtönt, amelybe dalekek milliói voltak bezárva. A kiszabadult dalekok a Doktor és Rose ténykedése révén ugyan visszaszívódtak a nulltérbe, de egy ú.n. fekete dalek "vész időeltolással" elmenekült...

A 2006-os Doctor Who Évkönyvben a sorozat fő írójának, Russell T. Davies-nek a tollából található egy Időháborúval foglalkozó cikk. Eszerint a történeti feljegyzések ugyan bizonytalanok, de több tényező is lehetséges a háború indító okaként. A dalekok megpróbáltak beszivárogni az Idő Lordok Nagy Tanácsába válaszul arra, amikor a Doktor az időben visszamenve megpróbálta a létrehozásukat megakadályozni; Romana Idő Lord elnöksége alatt volt egy elvetélt Idő Lord - Dalek békeszerződés; az Apocalypse Element nevű új dalek fegyver létrehozása, stb. A kevésbé fejlett fajok (köztük a földi emberiség) nem vették észre az időeltolódások okozta történelemváltozásokat, mivel maguk is együtt változtak vele. A fejlettebbek azonban már igen, aminek az illető fajra nézve általában katasztrofális hatása volt. A cikk azzal végződik, hogy az Időháborúnak egy távoli bolygón állított emlékművét írja le. Az emlékműn egy távolódó magányos alak képe látható. Valaki azonban a kép alá karcolta, hogy "nem vagy egyedül". Ez talán azt jelenti, hogy nem a Doktor a háború egyedüli túlélője.

A 2007-es évad Gridlock c. részében Boe Arca szintén ugyanezt mondja a Doktornak. A Sound of Drums részben a Mester azt mondja, hogy az Idő Lordok támasztották őt fel, hogy részt vegyen a háborúban. Itt és még máshol is elhangzik, hogy a dalek sereg és Gallifrey megsemmisüléséért a Doktor is felelős.

A Stolen Earth epizódban kiderül, hogy az Időháború időzár alá került, senki se ki, se be, mintha minden eltűnt volna, ezért nem tud a Doktor odamenni és jóvátenni a korábbi hibáit. Azonban a fentebb említett menekülő "fekete dalek", Caan, véletlenül becsusszant az időzár mögé, megmentette és kihozta a dalekok atyját, Davrost, ebbe azonban szó szerint beleőrült és egyfajta látnokká vált.

A 2009-es End of Time többet elmond az időzárról: az Idő Lordok a háború utolsó napján az időzárral mintegy kivonták Gallifrey-t a normál téridőből s a megfelelő alkalomra vártak, hogy visszatérhessenek. Ehhez tudtán kívül a Mestert használták fel.